Jahrhundertelang waren die Klöster Orte der Wissenschaft, Kunst, Erziehung und Krankenpflege. Diese Aufgaben wollte nun der Staat übernehmen - und mit ihnen auch die klösterlichen Ländereien und Besitztümer.
Im Jahre 1803 fiel das Kloster Schäftlarn der Säkularisation zum Opfer und wurde aufgelöst.
Das Kloster wurde 762 gegründet. Der adlige Grundherr Waltrich übergab sich und seinen Grundbesitz an die Diözese Freising, um hier ein Kloster zu Ehren des hl. Dionysius zu gründen. Als neuer Abt übernahm er selbst die Leitung und wurde zugleich Freisinger Weihbischof.
Die Nähe des Klosters zur Isar ermöglichte die Versorgung mit Wein und anderen Waren aus Tirol durch die Flößer.
Immer wieder bedrohten Isarhochwasser das Kloster.
Mehrfach wurde es durch schwedische Truppen geplündert (1632, 1645 und 1648).
1702 bis 1706 baute man das Kloster völlig um.
Ein Hochwasserdamm wurde angelegt.
1751-1760 erhielt das Kloster eine neue Kirche im Stil des Rokoko.
1803 erfolgte auf Veranlassung Napoleons die Säkularisierung und Auflösung des Klosters in Schäftlarn. Der Münchner Papierfabrikant Johann Michael von Pachner erwarb die Anlage und nutzte die Mineralquellen in Klosternähe für eine Heilbadanstalt. Als die Benediktiner im Jahre 1884 das Gymnasium gründeten wurden die Räumlichkeiten und Arbeitskräfte gebraucht und das Bad geschlossen.
Im Jahre 1866 übergab Ludwig I. von Bayern die Klosteranlage den Benediktinern und verpflichtete sie zur Führung einer Lateinschule.
Neben dem Benediktinerkloster wurde auch ein Gymnasium eingerichtet.
Vorerst bestand das Kloster als Priorat.
1910 wurde es durch Prinzregent Luitpold wieder in den Rang einer Abtei erhoben.